Neben den homogenen Phantomen in einfacher Geometrie gibt es auch die Möglichkeit das Phantommaterial in nahezu beliebigen Geometrien und Schichtungen zu bringen. So können auch Inklusionen oder funktionelle Strukturen wie durchströmbare Kapillaren erzeugt werden. Für die Erstellung der Form können einerseits vorhandene Objekte verwendet werden, oder es kann z.B. mit einem 3D-Drucker (SLA, FDM) aus vorhandenen 3D-Daten zunächst ein Positiv gedruckt werden. Für z.B. Körperteile kann auch zunächst eine Abformung mit z.B. hautfreundlichem Alginat erfolgen und mit dieser Form das Positiv erstellt werden. Vom Positiv wird dann zunächst eine Silikonform erstellt. In diese Form kann dann mittels einer speziell entwickelten Beschichtung das Silikon- oder Epoxidharzphantom gegossen werden.

Beschichtung sorgt für eine leichte Trennbarkeit der Form vom Phantom und für eine detailgetreue Abformung. Für Inklusionen kann das Phantom aus mehreren Materialien aufgebaut werden. Hierbei wird die bereits ausgehärtete Inklusion in der finalen Form mit dem Matrixmaterial umschlossen. Grundsätzlich ist es auch möglich, 3D-Modelle aus monolithischem Phantommaterial mit einstellbaren optischen Eigenschaften (Eigenentwicklung ILM) direkt mit einem SLA-Drucker herzustellen. Diese Modelle können auch mit den anderen Materialien kombiniert werden. Durch der Kombination von festen und flüssigen Phantomen (in Schichtgeometrie oder als Perfusionsmodell) können zeitlich veränderbare Phantome realisiert werden.