Als „An-Istitut“ der Universität Ulm besitzt das ILM eine direkte akademische Anbindung. Der Präsident der Universität ist Amtsmitglied im Kuratorium und zwei weitere Sitze sind für Professoren der Universität
reserviert. Umgekehrt ist das ILM aktuell über den stellvertretenden Vorstandsvorsitzenden und Abteilungsleiter Prof. Dr. Alwin Kienle in der Fakultät für Naturwissenschaften als apl. Professor vertreten. Außerdem fungiert der frühere Institutsleiter, Prof. Dr. Raimund Hibst, weiterhin als Prüfer für am ILM angefertigte Doktor- oder Abschlussarbeiten in der Fakultät für Ingenieurwissenschaften, Informatik und Psychologie sowie der Medizinischen Fakultät.

Am ILM werden regelmäßig Bachelor-, Master- und Doktorarbeiten angefertigt. Über gemeinsame Projekte findet ein wissenschaftlicher Austausch mit Wissenschaftlern der Universität und des Universitätsklinikums statt.

Lehre
Neben der Ausbildung von Doktoranden beteiligt sich das ILM an der Lehre der Universität Ulm, insbesondere an der naturwissenschaftlichen Fakultät, wo Prof. Dr. Kienle und Dr. Wittig lehren.

Vernetzung
Als eines von 12 Vertragsforschungseinrichtungen des Landes gehört das ILM zur Innovationsallianz Baden¬Württemberg und profitiert so von gemeinsamer Öffentlichkeitsarbeit, Informationsaustausch und Gemeinschaftsprojekten.
Darüber hinaus arbeitet das ILM national und international mit Hochschulen und anderen wissenschaftlichen Institutionen zusammen und engagiert sich in Netzwerken.
Kooperationen über gemeinsame Projekte bestehen zurzeit mit:

• Universität Ulm
• Universitätsklinikum Ulm
• Universität Stuttgart und Freiburg
• Universitätsklinika Tübingen, München, Freiburg, Mainz
• Hochschulen Ulm, Aalen, Reutlingen
• NMI - Naturwissenschaftliches und Mathematisches Institut, Reutlingen
• Hahn-Schickard, Villingen-Schwenningen, Stuttgart, Freiburg
• DITF – Deutsche Institute für Textil- und Faserforschung, Denkendorf
• HIT – Hohenstein Institut für Textilinnovation gGmbH, Bönningheim
• FEM – Forschungsinstitut für Edelmetalle und Metallchemie, Schwäbisch Gmünd
• FZI – Forschungszentrum für Informatik, Karlsruhe
• Max-Planck-Institut für Polymerforschung, Mainz
• Fogra Forschungsinstitut für Medientechnologien e.V. 
• Forschungsinstitut für Kraftfahrwesen und Fahrzeugmotoren, Stuttgart
• IGD - Fraunhofer Institute for Computer Graphics Research IGD, Darmstadt

Mitgliedschaften oder Aktivitäten bestehen in folgenden Vereinen/Organisationen:

• Photonics BW e. V.
• MicroTEC Südwest e. V.
• BioLago e. V.
• Deutsche Gesellschaft für Lasermedizin DGLM e. V.
• BioRegion Ulm e. V.
• BioPro BW GmbH
• Zukunftscluster nanodiag BW
• Innovationsnetzwerk IntraOperative Navigation