Als „An-Institut“ der Universität Ulm besitzt das ILM eine direkte akademische Anbindung. Der Präsident der Universität ist Amtsmitglied im Kuratorium, zwei weitere Sitze sind für Professoren der Universität reserviert. Momentan sind zwei Wissenschaftler des ILM Professoren der Universität und Mitglieder der Fakultät für Ingenieurwissenschaften, Informatik und Psychologie sowie der Medizinischen Fakultät (Prof. Dr. Raimund Hibst) bzw. der Fakultät für Naturwissenschaften (Prof. Dr. Alwin Kienle).
Am ILM werden regelmäßig Bachelor-, Master- und Doktorarbeiten angefertigt. Über gemeinsame Projekte findet ein wissenschaftlicher Austausch mit Wissenschaftlern der Universität und des Universitätsklinikums statt. Außerdem ist das ILM am Graduiertenkolleg „Pulmosense“ der Fakultät für Ingenieurwissenschaften, Informatik und Psychologie beteiligt (DFG, GRK 2203).

Lehre
Neben der Doktorandenausbildung beteiligt sich das ILM an der Lehre der Universität Ulm (Naturwissenschaftliche Fakultät; Prof. Kienle (Physik) und Dr. Rainer Wittig (Biologie)). Außerdem ist es mit Dozenten in der Lehre der Hochschule Ulm (Dr. Stock) und Aalen (Prof. Steiner) vertreten.

Vernetzung
Als eines von 13 Vertragsforschungseinrichtungen des Landes gehört das ILM zur Innovationsallianz Baden¬Württemberg und profitiert so von gemeinsamer Öffentlichkeitsarbeit, Informationsaustausch und Gemeinschaftsprojekten.
Darüber hinaus arbeitet das ILM national und international mit Hochschulen und anderen wissenschaftlichen Institutionen zusammen und engagiert sich in Netzwerken.
Kooperationen über gemeinsame Projekte bestehen zurzeit mit:

• Universität Ulm
• Universitätsklinikum Ulm
• Universität Stuttgart
• Universitätsklinika Tübingen, München, Freiburg, Mainz
• Hochschulen Ulm, Aalen, Reutlingen
• NMI - Naturwissenschaftliches und Mathematisches Institut, Reutlingen
• Hahn-Schickard, Villingen-Schwenningen, Stuttgart, Freiburg
• DITF – Deutsche Institute für Textil- und Faserforschung, Denkendorf
• HIT – Hohenstein Institut für Textilinnovation gGmbH, Bönningheim
• FEM – Forschungsinstitut für Edelmetalle und Metallchemie, Schwäbisch Gmünd
• FZI – Forschungszentrum für Informatik, Karlsruhe
• Max-Planck-Institut für Polymerforschung, Mainz

Mitgliedschaften oder Aktivitäten bestehen in folgenden Vereinen/Organisationen:

• Photonics BW e.V.
• MicroTEC Südwest e.V
• Deutsche Gesellschaft für Lasermedizin DGLM e.V.
• WLT - Wissenschaftliche Gesellschaft Lasertechnik
• Deutsche Gesellschaft für zerstörungsfreie Prüfung DGfzP
• EVIGEM -The European Virtual Institute of Geometry Measurement
• Bioregio Ulm e. V.
• BioProBW GmbH
• Netzwerk Dental e.V.
• BioLago e. V.